ҚазССР Ғылым академиясының 1972 жылғы 15 тамыздағы қаулысына сәйкес Тарих, археология және этнография институтының құрылымында Археология музейі ұйымдастырылды. Музей 1973 жылғы 30 тамызда алғашқы келушілерін қабылдады.
Аталған мекеме Қазақстан Компартиясы Орталық Комитетінің Бірінші хатшысы Д.А. Қонаевтың бастамасымен құрылып, республиканың археологиялық мұрасын сақтау, жүйелеу және оны ғылыми тұрғыдан зерттеу мақсатында ашылды.
Музейдің қалыптасуы мен ғылыми бағыт-бағдарының айқындалуына Қазақстан археология ғылымының көрнекті өкілдері — Ә.Х. Марғұлан, А.Н. Нүсіпбеков, Г.Ф. Дахшлейгер, К.А. Ақышев, Х.А. Алпысбаев, М.К. Қадырбаев, А.Г. Максимова, Т.Н. Сенигова, К.М. Байпақов, Б.Н. Нұрмұханбетов, З.С. Самашев, Ж.К. Құрманқұлов және басқа да ғалымдар елеулі үлес қосты. Музей тек археологиялық жәдігерлерді сақтайтын орын ретінде ғана емес, сонымен қатар іргелі ғылыми зерттеулер жүргізетін тұрақты ғылыми база ретінде қалыптасты.
Мекеменің ұйымдастырылуы мен одан әрі дамуына қор сақтаушылар, реставраторлар және өнертанушылар — В.И. Садомский, Н.И. Синенькая, Т. Молдасбанова, Р.А. Бектуреева, Б.Б. Қожахметов, Т.И. Кулик, Ж.Т. Рамазанова, А. Горбатов, К. Итенов, А.С. Ермолаева және басқалардың еңбегі зор болды.