Кәсіпорынның органы оның бас директоры, сондай-ақ Бақылау кеңесі болып табылады. Бақылау кеңесі өз қызметінде Қазақстан Республикасының қолданыстағы заңнамасын, кәсіпорын Жарғысын, Байқау кеңесі туралы ережені және өзге де нормативтік құқықтық актілерді басшылыққа алады. Бақылау кеңесі мүшелерінің саны тақ болуы тиіс және бір-бірімен және кәсіпорын басшысымен жақын туыстық және қасиеттік қарым-қатынаста болмайтын кемінде бес адамды құрауы тиіс. Бақылау кеңесінің мүшелері кәсіпорын қызметкерлерінің құрамына кірмейді. Кәсіпорынның Бақылау кеңесі құрамының кемінде отыз пайызы Бақылау кеңесінің тәуелсіз мүшелері болып табылады.

Бақылау кеңесінің құрамына ғылым саласындағы уәкілетті органның - Қазақстан Республикасы Ғылым және жоғары білім министрлігінің Ғылым комитетінің (бұдан әрі - уәкілетті орган) бекітілген Шаруашылық жүргізу құқығындағы мемлекеттік кәсіпорындарда Бақылау кеңесінің құрамына сайланатын адамдарға қойылатын талаптарға сәйкес келетін өкілі және конкурстық негізде сайланатын адамдар кіреді. Бақылау кеңесінің құрамына сайланатын адамдарға қойылатын талаптарды, сондай-ақ Бақылау кеңесінің мүшелерін конкурстық іріктеу және олардың өкілеттіктерін мерзімінен бұрын тоқтату тәртібін Қазақстан Республикасының қолданыстағы заңнамасына сәйкес мемлекеттік жоспарлау жөніндегі уәкілетті орган бекітеді.